Вычислительная биология и биоинформатика

Вычислительная биология и биоинформатика процветают в ОСК с 1982 года, когда Майкл Уотерман поступил на факультеты математики и биологических наук. С тех пор в группу вошли 8 профессоров и множество студентов-исследователей и докторантов.

Наш подход к исследованиям и обучению в области вычислительной биологии и биоинформатики основывается на биологии. Важным аспектом является постановка проблемы, интерактивный процесс, в котором участвуют биологи и ученые-математики. Как только проблема сформулирована, решение часто включает в себя сочетание статистики и алгоритмов. Вот почему группа имела тесные связи с тремя отделениями: математика, биологические науки и компьютерные науки. У нескольких факультетов есть совместные назначения в этих отделениях, а также в Медицинской школе Кека.

Студенты, желающие получить степень доктора философии в прикладной математике или информатике с акцентом на вычислительную биологию может непосредственно поступить в соответствующие программы PhD. Эти студенты должны удовлетворять соответствующим требованиям степени своего домашнего факультета, в дополнение к ряду дополнительных курсов (выбранных по согласованию с преподавателями факультета), которые обеспечивают надлежащий широту в биологии, информатике и математике. Осенью 2003 года мы запустили программу PhD по вычислительной биологии и биоинформатике, основанную в секции молекулярной и вычислительной биологии Отделения биологических наук.

Студенты должны пройти со средним баллом «В» не менее 60 единиц курсов с дипломом выпускника и одобрены руководящим комитетом. Обязательные курсы включают в себя: BISC 542, CSCI 570, MATH 505A, MATH 541A и MATH 578AB, в которых учащиеся должны сдать знак «B» или выше. Студенты должны пройти хотя бы один курс биологии в области молекулярной биологии, генетики или биохимии. Дополнительные 6 курсов по выбору будут взяты из следующего списка: BISC 502AB, BISC 505, BISC 510AB, MATH 502A, MATH 505B, MATH 541B, MATH555A, MATH 650, CSCI 521, CSCI 567, CSCI 670, CSCI 559 или другие курсы, которые одобрены советником студента. Студенты должны зарегистрироваться как минимум на 4 единицы диссертационного исследования (BISC 794ab). Студенты должны быть зарегистрированы в BISC 542 (вычислительная секция) их первые 3 года в программе (6 семестров). Студенты должны записаться в BISC 593 (2 единицы) в течение осеннего семестра второго года обучения для подготовки к ТП до или одновременно с первым назначением ТП.

Падение на 1-й год

• MATH 505A Статистика и теория вероятностей. Курс знакомит с основными понятиями теории вероятностей, различными дискретными и непрерывными случайными величинами, законом больших чисел и центральной предельной теоремой (CLT), основными инструментами теории вероятностей. Чтобы ознакомиться с этими инструментами, будут рассмотрены многие приложения в области физики и биологии.

• CSCI 570 Разработка и анализ алгоритмов. Курс посвящен разработке и анализу алгоритмов. Основное внимание уделяется развитию понимания основных методов проектирования алгоритмов. Практическая сторона разработки алгоритма также рассматривается на примерах решения отраслевых задач.

• BISC 542 Семинар в журнале "Компьютерная биология / компьютерная биология": аспиранты представляют свои собственные исследования (если они опубликованы или близки к публикации) или избранные публикации других исследователей в широкой области компьютерной биологии и биоинформатики, молекулярной и структурной биологии. Студенты практикуют навыки аналитического чтения и устной презентации. Участие в семинаре кафедры по вычислительной биологии является частью этого курса.

• BISC 502A Молекулярная генетика и биохимия: современный генетический и биохимический анализ репликации, рекомбинации, мутагенеза и репарации. Основы транскрипции и регуляции экспрессии генов. Последние применения генной инженерии и анализа генома.

Или

• BISC 320 Molecular Biology: структура и синтез нуклеиновых кислот и белков; молекулярная биология прокариот и эукариот; генетика. Студент изучит структуру и функции биологических макромолекул, в частности нуклеиновых кислот (ДНК и РНК) и белков, и как эти молекулы действуют, чтобы копировать, экспрессировать и точно передавать генетическую информацию. Курс посвящен механизмам: репликации ДНК, транскрипции, трансляции (синтеза белка) и генетического кода, репарации ДНК, рекомбинации и перестройки ДНК. Методы, используемые для изучения молекулярной биологии, представлены в контексте этих основных биологических механизмов.

Или

• BISC 325 Генетика: генетика трансмиссии и генотип / фенотип; методы картирования; сложные черты; генетика болезней человека и популяционная генетика. Цель этого курса - познакомить студентов с фундаментальными аспектами генетики, от молекулярного уровня до уровня организма и популяций, включая: 1) Основы генной структуры, функции и передачи. 2) Методы генетической манипуляции, 3) Системная генетика, 4) Генетический анализ популяций и эволюции

Весна 1-го года

• MATH 578A Вычислительная молекулярная биология: приложения математических, статистических и вычислительных наук к данным из молекулярной биологии. Алгоритмы для данных геномной последовательности: сборка и выравнивание последовательности и карты, вторичная структура РНК, структура белка, поиск генов и построение дерева.
• MATH 541A Введение в математическую статистику: параметрические семейства распределений, достаточность. Оценка: методы моментов, максимальное правдоподобие, объективная оценка. Сравнение оценок, оптимальности, информационного неравенства, асимптотической эффективности. Алгоритм EM, Джекниф и бутстрап.
• Семинар BISC 542 по журналу "Компьютерная биология / компьютерная биология": описание как указано выше
• Лаборатория вычислительной молекулярной биологии BISC 577A: факультеты вычислительной биологии преподают актуальные темы исследований.

осень 2-го года

• MATH 578B Вычислительная молекулярная биология: приложения математических, статистических и вычислительных наук к данным из молекулярной биологии. Статистика данных геномной последовательности: сборка последовательности ДНК, значимость показателей выравнивания, скрытые марковские модели, генетическое картирование, модели эволюции последовательности и анализ микрочипов.
• ИЗБИРАТЕЛЬНЫЙ КУРС 1: Студент может выбрать один из множества курсов, в том числе: BISC 502AB, BISC 505, BISC 510AB, MATH 502A, MATH 505B, MATH 541B, MATH555A, MATH 650, CSCI 521, CSCI 567, CSCI 670 , CSCI 559 или другие курсы, утвержденные советником студента.
• Клуб Журнала Вычислительной Биологии: описание как указано выше
• BISC 593 Практикум по преподаванию биологических наук: практические принципы долгосрочного развития эффективного преподавания в рамках дисциплин колледжа. Предназначен для преподавателей в колледже Дорнсиф.

весна 2-го года

• Клуб журналов по компьютерной биологии BISC 542: описание как указано выше
• ИЗБИРАТЕЛЬНЫЙ КУРС 2: Студент может выбрать один из множества курсов, в том числе: BISC 502AB, BISC 505, BISC 510AB, MATH 502A, MATH 505B, MATH 541B, MATH555A, MATH 650, CSCI 521, CSCI 567, CSCI 670 , CSCI 559 или другие курсы, утвержденные советником студента.

Лабораторная ротация: всем студентам первого курса необходимо пройти две лабораторные ротации преподавателей, по одной в семестр, в первый год. Ожидается, что студенты будут регулярно встречаться с преподавателями и участвовать в лабораторных собраниях во время ротации.

Процедура отбора

Экзамен должен быть сдан к концу второго семестра в программа. Если студент не сдал экзамен, департамент по своему усмотрению может разрешить ему сдать его снова в течение следующего года. Отборочный экзамен состоит из письменных экзаменов по таким темам, как молекулярная биология, компьютерные алгоритмы, математическая вероятность и статистика.

Консультант по летним исследованиям и выбору: все студенты первого курса должны договориться о летних исследованиях до 1 мая тот же календарный год. Студенты должны сообщить консультанту факультета аспиранта название факультета вычислительной биологии, с которым они будут работать летом. Студентам разрешается выбирать члена факультета некоммерческой биологии в качестве совместного консультанта, но требуется контроль со стороны факультета вычислительной биологии.

Устный квалификационный экзамен

Все студенты сдают квалификационный экзамен в течение двух семестров после успешного завершения отборочного экзамена.

Письменная часть квалификационного экзамена состоит из диссертации. Этот документ должен включать: введение, изложение проблемы, обзор литературы, методологию, краткое изложение предварительных результатов, предлагаемое исследование, ссылки, приложение (включая одну или две основные ссылки).

Устная часть квалификации Экзамен состоит из представления кандидатской диссертации. диссертационное предложение. Студент должен продемонстрировать исследовательский потенциал. Устная часть квалификационного экзамена будет проходить в специальный экзаменационный день, где все студенты представят свои устные предложения по диссертации. Дата экзаменационного дня будет через год после отборочных экзаменов. Руководящий комитет должен получить проект предложения по крайней мере за десять дней до даты устного экзаменационного дня.

Передача кредита

Передача кредита рассматриваться не будет. пока не пройдёт отборочный экзамен. Максимум 30 единиц дипломной работы в другом учреждении могут быть применены к требованиям курса для кандидата наук. Оценка B- (A = 4.0) или ниже не будет принята, и, самое большее, две оценки B будут приняты. Доктор философии Кандидат может ходатайствовать перед отделом о переводе дополнительного кредита после того, как он или она сдадут квалификационный экзамен.

Диссертация

После прохождения отборочного экзамена и утверждения руководства по диссертации руководством комитет, студент начинает исследования к диссертации под руководством диссертационной комиссии. Хотя любой преподаватель в MCB может выступать в качестве консультанта, в состав руководящего комитета должен входить хотя бы один преподаватель, основной задачей которого является вычислительная биология. Основное требование доктора философии является приемлемой диссертацией, основанной на значительном количестве оригинальных исследований, проведенных студентом.

• Для поступления в программу PhD по вычислительной биологии и биоинформатике требуется степень бакалавра (или эквивалент) по смежному предмету в аккредитованном четырехлетнем колледже, сдача экзаменационных экзаменов (предметный тест не требуется) и три рекомендательных письма .
• Стенограммы из всех колледжей и университетов присутствовали
• Три рекомендательных письма
• GRE баллов
• Результаты TOEFL
• Онлайн-заявка (мы больше не принимаем бумажные заявки)

Пожалуйста, приложите неофициальную стенограмму, заявление о целях и любые другие дополнительные материалы заявки в качестве дополнительных документов в онлайн-заявку. Пожалуйста, отправьте официальные стенограммы на этот адрес.

В вашем заявлении о цели для заявки в аспирантуру должно быть объяснено, почему вы хотите продолжить обучение в аспирантуре по молекулярной медицине. Вычислительная биология и, более конкретно, почему вы хотите сделать это в USC. Мы принимаем небольшое количество студентов каждый год, чтобы предложить им полную финансовую поддержку; поэтому мы стремимся найти кандидатов, интересы которых наилучшим образом соответствуют нашей программе.

Неофициальные копии баллов GRE (и TOEFL для международных заявителей) приемлемы для целей оценки, но если предлагается допуск, заявителю потребуется отправить официальную документацию.

Пожалуйста, отправьте свои рекомендательные письма в электронном виде через систему приложений Apply Yourself. Когда вы подадите онлайн-заявку, организуйте отправку ваших стенограмм, баллов GRE и TOEFL (для международных заявителей) непосредственно нам по почте на этот адрес

ПРИМЕЧАНИЕ. При указании в заявлении студенческих / выпускных ГПД (средние баллы) используйте систему вашего университета. Если вы получили процентную оценку, укажите средний процент. Если вы оценивались по шкале, отличной от 4,0 (с 4,0, равной «А»), укажите средний балл И укажите шкалу (например, 8,5/10).

Плата за приложение

Плата за заявку составляет $ 90,00.

Хотите улучшить уровень английского для поступления?

Подготовьтесь к требованиям программы с помощью курсов English Online от Британского Совета.

• ✔️ Гибкий график занятий
• ✔️ Опытные преподаватели
• ✔️ Сертификат по окончании курса

📘 Рекомендуется для студентов с уровнем IELTS 6.0 или ниже.

Записаться на курс

Стипендия

Политикой Программы вычислительной биологии и биоинформатики является оказание поддержки всем студентам на протяжении всей их карьеры выпускника. Этими наградами являются ассистенты преподавателей и исследователей (TA / RA), стипендии за заслуги в колледже и стипендии Провоста. Там нет отдельного приложения. Студентам также рекомендуется обращаться за финансовой помощью в соответствующие федеральные агентства или другие источники помощи для обучения в аспирантуре. Граждане США, запрашивающие дополнительную финансовую помощь по мере необходимости, должны заполнить эту часть заявления.

Педагогические и исследовательские ассистенты обеспечивают полную ремиссию за обучение, оплату студенческого медицинского центра и студенческую медицинскую страховку, а также ежемесячную стипендию на проживание в течение учебного года. ТП распределяют свое время между конкретными преподавательскими обязанностями, определенными кафедрой, и их лабораторной работой. Время, отведенное на преподавательские обязанности, составляет не более 20 часов в неделю. РА посвящают большую часть своего времени исследованиям, ведущим к их диссертациям. Продолжение поддержки со стороны имеющихся RAships и TAships после первого года обучения зависит от того, поддерживает ли студент академические стандарты, требуемые программой (не в последнюю очередь это 3,0 GPA).

Студенты обычно получают поддержку RAships в течение трех летних месяцев. TAships ограничены в течение этого периода. Студенты должны договориться с преподавателем факультета в течение первого года, чтобы обеспечить это. Такое расположение обычно не является проблемой. Университет предлагает несколько наград, открытых для всех кафедр. Департамент номинирует исключительных кандидатов на стипендии за заслуги в колледже и стипендии проректора, самую престижную награду университета. Эти награды приносят дополнительные стипендии и, в некоторых случаях, финансирование исследовательских поездок и снабжения.